یکی از مهم‌ترین قوانین اجرایی ارزش افزوده در نحوه محاسبه مالیات بر ارزش افزوده، مسئله استرداد مالیات اضافه پرداختی‌های مودی به سازمان مالیاتی است. این مسئله زمانی می‌تواند اتفاق بیفتد که جمع اعتبار مالیاتی ارزش افزوده مودی در یک دوره مالیاتی، بیشتر از میزان مالیات و عوارض ارزش افزوده دریافتی او در آن دوره باشد؛ یا به دلایلی نظیر اشتباهات محاسباتی، مودی مالیات بیشتری به سازمان پرداخت نموده باشد.
در حقیقت استرداد مالیات بر ارزش افزوده در اضافه پرداخت، در صورتی می‌تواند رخ می‌دهد که در یک دوره مالیاتی:
مالیات و عوارض ارزش افزوده دریافتی – اعتبار مالیاتی (مالیات و عوارض ارزش افزوده پرداختی) > 0
